La Ville avait déposé un recours le 3 avril 2012, demandant que soit maintenue sur le site du futur ministère de la Défense une emprise pour construire un garage à autobus. Ceci aurait permis de déménager le garage RATP de la Croix-Nivert, dans le même arrondissement, où la mairie a prévu la construction de 500 logements dont au moins la moitié de logements sociaux. Dans son jugement rendu jeudi, le tribunal administratif souligne que la RATP a elle-même confirmé dans une lettre du 21 mars 2012 "sa renonciation à la relocalisation sur le site de Balard du dépôt de bus de la Croix-Nivert ainsi que son souhait de conserver ce dernier site".
La mairie a a affirmé négocier avec l'Etat pour "que le projet de garage à bus puisse aller sur l'héliport" de Paris Issy-les-Moulineaux, situé lui aussi dans le 15e. "En fonction de l'évolution des discussions, nous ferons appel ou pas", a dit une porte-parole. Le site de Balard doit accueillir les administrations centrales et l'état-major de la défense, soit près de 9 300 militaires et civils actuellement dispersés sur une quinzaine de sites en Ile-de-France. Le projet prévoit la construction de 235 000 m2 répartis entre le futur ministère de la Défense et un ensemble de bureaux.