La Cour a fait trois principaux constats : celui d'un "écart entre le service rendu et les objectifs", celui de "la faiblesse des pouvoirs de l'État" et enfin celui d'un "fonctionnement à la recherche d'un nouvel équilibre" après l'adoption de la loi du 20 juillet 2011 qui a réformé l'organisation de la santé au travail.
Dans son rapport, la Cour a noté qu’aucun service des entreprises contrôlées n'était en mesure d'assurer l'ensemble des examens médicaux réglementaires qui lui incombent.